Fernando Torres și-a făcut junioratul la Atletico Madrid și a debutat la echipa de seniori a "rojiblancos" la 17 ani, evoluând 7 sezoane în tricoul acestora. În vara anului 2007, "El Nino"a fost vândut de Atletico la Liverpool pentru 38 de milioane de euro, iar patru ani mai târziu a fost cumpărat de Chelsea în schimbul a 58,5 milioane de euro.
Înainte de a reveni la Atletico Madrid, Torres a mai evoluat la AC Milan. La clubul italian a ajuns în vara anului 2014, sub formă de împrumut de la Chelsea, fiind cumpărat definitiv de Milan în ianuarie 2015. Italienii l-au achiziționat pe spaniol în schimbul sumei de 3 milioane de euro, însă numai pentru a putea să-l împrumute la Atletico, cedându-l ulterior gratis în 2016.
În sezonul trecut, Fernando Torres a jucat în 45 de meciuri pentru Atletico, în toate competițiile, a marcat zece goluri și a dat două pase decisive. Europa League este singurul trofeu câștigat de Torres la Atletico Madrid: 3-0 cu Marseille în finala ultimei ediții a competiției.
Fernando Torres mai are în palmares trei trofee cucerite alături de Chelsea: o Cupă a Angliei (2012), Champions League (2011/2012) și Europa League (2012/2013).